由于各种原因，凸缘联轴器的质心或惯性主轴与其旋转轴不重合，在运行过程中会产生不平衡的离心惯性力、离心惯性耦合力和动态偏转（振动模式），称为转子不平衡现象。这种不平衡现象必然会引起轴系的振动，从而影响机器的正常运行和使用寿命。所以要引起重视。不平衡度（不平衡u）通常用转子质量m与质量中心到转子旋转轴的距离r的乘积mr来表示，称为质量直径乘积。也可以用单位质量的质量-直径积表示，称为偏心率e（不是几何意义上的偏心率。质量-直径乘积mr是与转子质量相关的相对量，而偏心率e是与转子质量无关的量。前者比较直观，常用于给定转子的平衡操作，后者用于衡量转子平衡的优劣或测试平衡精度，凸缘联轴器的平衡等级标准按e评估，对于柔性转子，模态偏心（第n阶模态）en=Un/mn，其中Un和mn分别为第n阶模态和模态质量。

为了校正或减小凸缘联轴器的不平衡，应根据需要选择合适的平衡级，产品制造并安装在机器上后，在联轴器指定的平衡（校正）平面上增加或减少合适的质量，即可满足平衡级要求。这个过程叫做平衡修正，简称平衡。

凸缘联轴器的设计应考虑两个连接联轴器之间的轴向位移，其值应大于6mm。安装联轴器时，应根据热膨胀方向预留补偿量。在没有垫片的齿式联轴器结构中，应允许齿轮套筒作适当的轴向运动，使内外齿相互分离，这样在检查齿轮齿的工作情况和检修设备时就不必拆卸联轴器。联轴器的结构应确保所有零件对齐。嵌入的内齿和外齿应在齿顶居中。为了减少潜在的不平衡，齿周侧隙。

凸缘联轴器在水平方向对正时，不需要计算活动端的前后脚。清除一点轴向和径向百分表，读取三点轴向和径向百分表读数，用铜棒敲打活动端调整轴线。首先观察轴向千分表的读数，用铜棒敲打活动端前后脚，将3点的轴向读数调整到原来的一半。然后观察径向千分表的读数，用铜棒敲打活动端中间，将3点钟的径向读数调整到原来的一半。这需要反复调整。调整结果应使总和在允许的误差范围内。